Центр системного анализа и стратегических исследований Национальной академии наук Беларуси в рамках заключенных соглашений осуществляет международное сотрудничество с научными организациями:
- Институт экономики и организации промышленного производства Сибирского отделения РАН
- Финансовый университет при Правительстве Российской Федерации
- Институт исследований научно-технического потенциала и истории науки им. Г. М. Доброва НАН Украины
- ФГБУН Вологодский научный центр РАН
- Московский педагогический государственный университет
Руководство Центра входит в состав Межакадемического Совета РАН и НАН Беларуси по проблемам развития Союзного государства (МАС).